Шоқан 1862 жылы Атбасар огругінің аға сұлтаны қызметіне сайлауға түсті. Ол Ф.Достоевскийге жазған хатында былай деген: «Сұлтан болуды ұйғарып отырмын. Өйткені отандастарыма пайдамды келтірсем, оларды шонжарлар мен байлардың озбырлығынан қорғасам деймін. Әрі мен бәрінен бұрын жерлестеріме білімді басшының қаншалықты пайда келтіретінін өзім арқылы көрсеткім келді». Шоқан сайлауда жеңіске жетті. Алайда генерал-губернатор Г. фон Фридрихс бұл қызметке оны бекітпей, сайлауда жеңіліп қалған Ерден Сандыбаевты қояды. Шоқан әділдікке қол жеткізуге тырысқанымен, онысынан ештеңе шықпады. Өйткені Батыс Сібір шонжарлары білімді, қайтпас қайсар Шоқан Уәлихановты басшылық қызметке отырғызуды жөн көрмеген.
Шоқан сұлтан бола алмай қалғанан кейін туыстарымен ұрсысып, Омбыға кетіп қалады. Ол 1863 жылдың жазында сот реформасының жобасына қатысты халықтың ойын білуге аттанған комиссияның жұмысына қатысқан. Сол тұста ғалым маңызды еңбектерінің бірі – «Сот реформасы туралы жазбаны» жазып шықты. Ол комиссияның жұмыс істеу әдісін сынға алып, Қазақстанда сот жүйесін құруға қатысты өз ойын айтқан (далалықтардың дәстүрлі әдет-ғұрпын ескеріп, бұрыннан бар билер институтын сақтау керек деген).
1864 жылдың басында Шоқан Уәлихановты генерал М.Черняевтың Қоқан хандығына қарсы әскери экспедициясына шақырады. Шоқан штабта аудармашы һәм келіссөз жүргізуші қызметін атқарып, қоқан әскерімен арада бейбіт келісімге қол жеткізуі тиіс болған. Алайда генерал Черняев қатаң әскери әрекетке барады. Көз көргендердің айтуынша, ол тіпті өзі жаулап алған Бішкек және Әулиеата бекіністеріндегі тұрғындарды аямай қырған. Осыған наразылық білдірген Шоқан жазда басқа да офицерлермен бірге Черняевтің штабынан шығып, Верныйға аттанады.
Ал енді басқа мәліметтер бойынша, Уәлиханов Черняевпен дауласпаған көрінеді. Экспедициядан әскери ведомствоның бұйрығымен кетіпті. Бұған офицердің кейін еш қудаланбағаны дәлел болады-мыс.
1864 жылдың мамырында (ол кезде Уәлиханов Черняевтің жорығына қатысып жүрген) Шоқанға Азия департаментінен ақша берілмей қалуы әлдебір оқыс жағдайға емес, оның қызмет орнында, яғни Санкт-Петербургте ұзақ уақыт болмауы себеп еді. Шоқан департаменттен кетірілуімен қатар сапарға шығуға поштаның атты қызметін пайдалану мүмкіндігінен де айырылды. Ал ұзақ саяхат жасауға өз қаржысы болмаған. Сондықтан ол Петербургке де, Омбыға да, тіпті туған ауылына да бара алмай қалды. Осы жағдайдан кейін ол албанның аға сұлтаны Тезектің ауылына барады. Мұнда Шоқан Тезектің қарындасы – Айсарыға үйленген. Сөйтіп, Шығыс Түркістандағы дүнгендер көтеріліс арқылы басып алған аумақтың мәселесімен айналысуға кіріседі.