Шыңғыс сұлтан ұлының білімге деген талпынысын қолдап отырған. Ол баласының ауыл-аймақта жүріп, дұрыс білім ала алмайтынын түсінеді. Сондықтан 1847 жылдың күзінде он екі жасар Шоқанды Омбыға алып барады. Сөйтіп, сондағы достарының көмегімен Омбы кадет корпусына оқуға түсірген. Бұл сол кезде Сібірдегі мықты оқу орыны еді. Шоқан Уәлихановтың кадет корпусы империяның Азия иелігіндегі патшалық Царскосельский лицейінің өзіндік бір баламасы болған.
Сібір кадет корпусы 1845 жылы бұрынғы Сібір желілік казак училищесінің негізінде ашылған. Мұнда бір кездері Шоқанның әкесі де оқыды. Жаңартылған корпусқа дворяндар мен казак офицерлерінің ұлдары ғана түсе алатын. Олар әлеуметтік мәртебесіне сәйкес рота мен эскадронға бөлінген. Әрқайсысында 120 адамнан болыпты. Рота дворяндарға, эскадрон казактарға арналған. Эскадронға казактардан бөлек қазақ ақсүйектерінің де балалары алыныпты. Бұл жерде Шоқан Уәлихановтың балалық шағы аяқталып, оның ересек өміріне аяқ басқан жолы басталды.
Кадеттер ең алдымен әскери тәртіпті оқыған. Бұлар – соғыс тәсілдері, артиллерия және бекініс. Сондай-ақ, оларға сапқа тұруды, гимнастика, жүзу, қылыштасу, атқа міну, тіпті ән айту мен билеуді үйреткен (ол кезде офицерлер осының бәрін білуге міндетті еді). Бірақ ең бастысы – корпуста жалпы білім де берілген. Яғни онда математика, физика, география, химия, тарих және әдебиет оқытылатын. Сонымен қатар, корпус жанында шығыс тілдерінің ерекше сыныбы болған. Онда моңғол, араб, парсы және түрік тілдері оқытылыпты. Осындай дайындықтың арқасында корпус қабырғасынан аса көрнекті ғалымдар мен зерттеушілер, яғни кілең мықтылар түлеп шықты. Олардың қатарында шығыстанушы ғалым, Шоқан Уәлихановтың досы Григорий Потанин.